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关于云算GPM DNA混合图谱分析系统,你想了解的都在这里了!

2020-03-23

了解设备介绍请点击此处

1、C/S架构什么意思?

C/S分别是Client和Server的首字母,也就是表示客户端/服务器。表示我们的整套系统是由客户端分析电脑和数据库存储服务器组成。服务器负责对数据存储,客户端电脑完成数据的分析计算功能以及数据的检索管理功能。

 

2、包含二所的试剂盒吗?

软件可根据需要支持自行导入试剂盒,并且也支持导入人群基因频率等信息。

试剂盒.png

 

3、软件分析速度怎么样?

一般2人混合数据在5分钟之内可以分析完成,3人混合一般十几分钟完成。具体分析时间会根据图谱的质量,复杂程度以及已知信息等有所不同。

 

4、数据库存储数据量有多少?

我们服务器标配2T+512G固态硬盘,可以支持至少100万份数据存储。如果客户有需求可以额外对容量进行扩展。

 

5、云端架构在哪里?

我们整套系统的硬件配置是包含客户端和服务器的,所有硬件都会安装在购买的客户处。所有的管理权限也都交由客户管理。

 

6、除了增加了一个数据库管理,与其它软件有什么区别?

云算GPM中内置的概率分型软件仍然是基于生物建模和MCMC计算原理开发的,这也是目前全连续法概率分型软件采用的通用的原理。

从系统配置来讲,云算GPM系统将数据存储端与数据分析端进行了分离,可以实现多人同时分析,数据统一管理功能。

多人分析都是在自己的客户端完成,计算负载并没有加载到服务器上,不会因为分析人数增多,而增加服务器的负担,不会影响计算速度。

 

7、 手头有混合图谱,可以拆分看看吗?

我们近期会推出云算GPM试用活动,请关注我们官方信息以及弘德商城。也欢迎客户与我们联系。

 

8、 这套系统什么价位?能与全国DNA数据库关联吗? 

1)云算GPM是我们引进德国专业DNA混合图谱分析软件进行的二次开发,其优势在于采用了C/S架构,所有数据统一存储在数据库中,非常便于数据的检索和管理。

也非常方便与其它系统进行对接,比如与实验室的LIMS对接,我们下一步开发的目标就是将系统与DNA数据库对接,能够快速入库比对。我们目前已经与国内某个开

发LIMS系统的公司建立了合作关系,在不久的将来就会实现这一功能。

 

2)整套系统配备1个服务器和2个客户端,服务器中安装数据存储数据库,2个客户端分别安装有一套独立的分析软件,可满足两人同时分析。系统报价请与我们当地销售负责人联系。

 

9、系统分析的准确率怎么样?

云算GPM系统在正式推出之前我们已经做了大量的测试工作,并且我们也给国内某公安单位分析过一个真实案例,拆分的结果也在数据库中完美的比中嫌疑人。

 

10、销售是按照客户端数量销售吗?

云算GPM系统标配2个客户端和1个服务器,如果客户有需求的话可以对客户端数量进行扩展。

 

11、不确定贡献者数量怎么拆分?

云算GPM系统内置的概率分型软件除了可以手动输入混合人数外,也支持软件自动计算混合人数。软件内置了根据最大等位基因数和最大似然估计法两种方法计算混合人数,客户可根据需要选择计算方法,一般3人以上的混合人数计算最大似然估计法更准确。

 

12、是否经过SWGDAM验证?

云算GPM内置的概率分型软件在开发完成后已经根据SWGDAM概率分型软件验证指南以及ISFG DNA委员会关于法医遗传学生物统计学软件的验证建议进行了充分的验证。软件已经按照标准要求对其灵敏度、特异性和生物模型执行精度进行了验证。并且软件已经在欧洲各国广泛应用,已经有上百万个真实案件分析的经验。

 

13、最多可以做几个人的拆分?

支持2-5人混合样本的拆分。

 

14、分析完结果是什么形式?图谱还是CODIS?

数据分析完后可以以PDF或者WORD的格式导出报告。报告中包含了每个贡献者,每个位点的可能基因型以及权重信息,也包含似然比等统计学计算结果。报告显示内容客户也可以根据需要自行调整。

 

15、目前国际应用情况,是否得到法庭应用?

云算GPM内置的概率分型软件已经在欧洲各国广泛应用,包括医学研究所,公立或私立实验室,警察局等,该软件每年都会分析上万个案件样本。

按照SWGDAM法医DNA实验室常染色体STR分型解释指南要求在混合图谱给出包含结论时都需要给出相应的统计学解释。

该软件按照SWGDAM指南要求进行了验证,并且符合SWGDAM解释指南要求,也符合德国DNA委员会对混合斑解释建议(The German Stain Commission: recommendations for the interpretation of mixed stains)要求,软件分析结果可以作为法庭示证使用。

 

16、三人拆分的准确率有多高?

概率分型软件对混合图谱进行拆分后,会对每个贡献者的每个位点基因型进行解释,在报告中会给出每种可能基因型的权重信息。

客户除了使用拆分出来的结果入库搜索外,在有嫌疑人图谱的情况下还可以进行似然比(LR)等统计学计算,即可帮助客户判断是否下包含结论,也可增加证据的确信度。

 

17、有没有标准,拆分的可以拿来做证据?

目前在国外对混合图谱解释是由标准或者指南的,例如SWGDAM,FBI,German Stain Commission等都对DNA图谱解释有建议或指南,也都要求证据图谱在发生匹配或者给出包含结论的时候要有统计学解释,也才能作为法庭证据采纳。

据我们所知国内还没有具体的标准文件可以参考,但国内专家正在广泛的调研取证,我们也会积极的配合相应的工作,应该在不久的将来就会有相应的指南文件发出。

 

18、这个软件的拆分标准是什么?

云算GPM内置的概率分型软件是基于全连续法的一种分型软件。其主要计算原理是通过建立一个生物模型来计算每个等位基因的总产物量。

通过MCMC算法的迭代运算不断优化计算其中的各个参数,直到找到能够解释证据图谱的最佳基因型组合。整个计算过程比较复杂,涉及很多统计学算法,这里无法展开介绍,请关注瑞源官方发布信息或与我们联系。

 

19、标配是多大配置?

云算GPM标准配置1个服务器和2个客户端,服务器中安装数据存储数据库,2个客户端分别安装有一套独立的分析软件,可满足两人同时分析。

 

20、对混合分型峰值有要求吗?

云算GPM是复杂混合图谱分析专家系统,不仅可以分析正常模板量产生的图谱,对于低拷贝DNA产生的图谱也可分析。因系统内置全连续法概率分型软件不仅可以模拟等位基因峰,Stutter峰等,也可模拟drop-in/out,对于低拷贝DNA,图谱中可能漏位点的情况也会给出合理的科学的解释。

 

21、这个和STRmix相比较,那个更适合国内用户?

STRmix是我们前期推出的一款概率分型软件,其对混合图谱解释结果已得到广泛认可,并且也在美国和新西兰市场广泛应用,在国内也有部分客户使用。

但在2019年底STRmix被新西兰政府列为对华禁售产品,我们不得不终止该产品的国内销售活动,但已购买的客户的技术服务我们仍然继续提供。

我们看到在国内混合图谱的数量越来越多,而且混合图谱的分析也是法医DNA实验室的一个难点,为了推动国内混合图谱解释与国际接轨,解决当前混合图谱分析的难点,我们认为继续在国内推广混合图谱分析软件是十分有意义的。

所以在得知STRmix对华禁售后就开始在市场上寻找相关可替代产品。

云算GPM就是我们引进德国MDG集团的全连续法概率分型软件Genoproof Mixture 3二次开发而成的一整套系统。该系统包含了原始数据分析到混合数据拆分,统计学计算的整个流程。

云算GPM系统与STRmix区别在于STRmix属于单机版软件,而云算GPM实现了C/S架构,后期更利于二次开发与其它系统对接。两个软件所采用的生物模型以及计算原理都是一致的,主要功能方面,STRmix能完成的,云算GPM也能够实现。

 

22、使用前是否需要大量样本进行实验室内部参数验证?

不需要再做验证。云算GPM内置的概率分型软件在开发完成后已经根据SWGDAM概率分型软件验证指南以及ISFG DNA委员会关于法医遗传学生物统计学软件的验证建议进行了充分的验证。软件已经按照标准要求对其灵敏度、特异性和生物模型执行精度进行了验证。并且软件已经在欧洲各国广泛应用,已经有上百万个真实案件分析的经验。